В СМИ выдвигались несколько возможных причин убийства журналистки. Согласно одной из версий, причастным к убийству являлось руководство Чеченской Республики, согласно другой российские власти, согласно третьей версии убийство Политковской в день рождения Владимира Путина это провокация против него и Рамзана Кадырова, согласно четвёртой версии убийство было выгодно Западу и оппозиции, согласно пятой версии заказчиком убийства являлся Борис Березовский.
По мнению руководителя Главного следственного управления Следственного комитета при прокуратуре России Дмитрия Довгого, заказчиком убийства Политковской был Борис Березовский, осуществивший свой замысел с помощью чеченского преступного "авторитета" Хож Ахмеда Нухаева. По словам Довгого, убийство связано не со статьями Политковской, а с её личностью.
По версии следствия, организатором преступной группы являлся один из лидеров "лазанской" группировки Магомед Димельханов, к которому весной 2006 года поступил заказ на убийство Политковской, поскольку к журналистке имели "серьезные претензии большие люди в Чечне". Выполнение заказа было поручено братьям Махмудовым, которые привлекли к делу рыночного торговца и шофера Ахмеда Исаева.