С момента окончания событий первого фильма проходит шесть месяцев. Нео, находясь в реальном мире, обнаруживает у себя невероятную способность воздействовать на окружающее: сперва он поднимает в воздух и гнет ложку, лежащую на столе, потом определяет положение машин-Охотников за пределами Зиона, потом в бою со Спрутами уничтожает одного из них силой мысли на глазах потрясенной команды корабля.
Нео и все окружающие не могут найти объяснение данному феномену. Нео уверен, что этому есть веская причина, и что его дар как-то связан с войной против машин, и способен оказать решающее воздействие на судьбу людей (интересно отметить, что в снятом фильме эта способность тоже есть, но она вовсе не объясняется, и на ней даже не особенно заостряют внимание — может, и все тут. Хотя, по здравом размышлении, умение Нео в реальном мире вытворять чудеса не имеет абсолютно никакого смысла в свете всей концепции «Матрицы», и выглядит просто странно).